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Actualmente, la Universidad Santo Tomás cuenta con la Acreditación Institucional, la cual fue otorgada para la Sede Bogotá y la Vicerrectoría General de Universidad Abierta y a Distancia VUAD, bajo la Resolución 9264 de octubre 18 de 2011, por una vigencia de 4 años; quedando en proceso de obtenerla las Sedes (Villavicencio y Medellín) y Seccionales (Tunja y Bucaramanga).
Desde el 2013 la USTA inicia su proceso de Reacreditación de la Sede Bogotá y la VUAD, y de Acreditación de las Sedes y Seccionales, unificando el proceso con el fin de lograr el reconocimiento otorgado por el Ministerio de Educación Nacional bajo los lineamientos del Consejo Nacional de Acreditación (CNA). (link de proceso de acreditación).

El 29 de enero de 2016, el Ministerio de Educación Nacional, otorga bajo la resolución 01456 a la universidad Santo Tomás, la Acreditación Institucional de Alta Calidad Multicampus para las sedes y seccionales donde hace presencia.